Pour conclure

Même si l'indicatif est le mode de rigueur, le subjonctif est toléré et c'est lui qui a la primauté de l'usage :

  • « Je continue de recommander l'indicatif, mais je n'accuserai pas d'ignorance ceux qui, influencés par un usage croissant, emploient le subjonctif » (Joseph Hanse, Nouveau dictionnaire des difficultés du français moderne, 1983, cité par Marc Wilmet).

De fait, doit-on dire Je doute que Pierre arrive après que Marie (a ? ait ? aura ? aurait ?) déjeuné ?

Marc Wilmet admet donc lui aussi que devant certaines difficultés d'emploi de l'indicatif après après que, « les utilisateurs de la langue – lettrés et profanes réunis – (...) ont su se frayer (...) une issue astucieuse, économique, non dénuée qui plus est d'élégance », à savoir le choix du subjonctif :

  • Je doute que Pierre arrive après que Marie ait déjeuné.