Recommandation et réflexion
Conseil : Dans vos écrits, préférez l'indicatif
C'est une recommandation, car dans les faits, l'usage est assez souple.
Pourquoi emploie-t-on l'indicatif après « après que » ?
Deux explications sont possibles :
1. Une explication « analogique »
Certains disent que l'usage fait une analogie entre avant que + subjonctif et après que + subjonctif (les deux conjonctions forment une paire).
D'autres disent que dans des énoncés tels que Il prit le train après qu'il eut composté son billet, l'indicatif (passé antérieur) eut composté se prononçant comme le subjonctif plus-que-parfait eût composté.
Ainsi, l'usage est amené à confondre les deux. Mais cette explication, qui peut dire pourquoi nous faisons une faute, ne dit pas si nous pouvons continuer à la faire...
2. Une explication plus linguistique
Certains grammairiens avancent l'explication selon laquelle avec après que on peut envisager de deux manières le rapport entre les deux faits (celui de la principale et celui de la subordonnée) :
dans Pierre arrive après que Marie a déjeuné, chronologiquement le déjeuner de Marie précède l'arrivée de Pierre (donc on emploie indicatif) ;
mais Pierre arrive après que Marie ait déjeuné peut signifier logiquement que le déjeuner de Marie devait précéder l'arrivée de Pierre ou que l'arrivée de Pierre devait suivre le déjeuner de Marie, et donc que le déjeuner de Marie est considéré comme une sorte de condition à l'arrivée de Pierre (ce qui justifie le subjonctif). Dans ce cas, après que signifie plus particulièrement « seulement après que, pas avant que... » ou « non sans que ».